他们所使用的探险船，就是詹姆斯柯拉克罗斯于南极探险时所使用过的艾尔帕斯号和泰拉号，不但构造非常坚固，而且十分适合于极地航行。
这一次为了向北极冰海挑战，两艘船上装满了充分的物资，至少足够在冰海上航行3天。
然而，1845年7月底，自从一艘捕鲸船在巴芬岛北部的兰卡斯特海峡遇到过这两艘船后，佛兰克林的船队便行踪不明了。
1847到1848年，英国的冬天似乎特别寒冷，但是仍然没有佛兰克林探险队的消息，在各地的酒店社交界的宴会上，大家都很担忧地谈论着佛兰克林船队。虽然两艘船的装备相当充分，但是随着时间的消逝，也终有告罄的时候。
不安愈来愈深，大家都揣测他们可能已经死了，于是英国国内要求搜寻他们的呼声，日渐高涨，致使原本不大理会此事的英国海军，不得不采取行动。
他们到底走那一条路线?冰层、风雨和暴风雪对于航行会产生什么样的影响呢?在组织救援队前去搜索之前，所有困难的问题一定要予以解决，并且要在所有可能的航域中，选出几条路线，以免毫无头绪可寻。
同时，英国政府也公布凡是找到佛兰克林队员的人，不计人种及国籍，都颁发两万英磅的奖金。
派遣救援队的申请批准下来后，英国海军立刻组织了大规模的救援队，全力前往北极搜寻。其中，第一队是陆上队，第二队从白令海开始搜寻，第三队即是由著名的南北极探险家詹姆斯柯拉克罗斯指挥。
陆上队负责搜寻加拿大以北的地区，第二队则从白令海开始搜寻，航向指向海峡的北部和西部海域。然而，两队很快地都因为冰雪和暴风的阻扰而无法行动，最后终于在1849年停止寻找佛兰克林的探险队。
由罗斯指挥的第三队，则从1848年至1849年冬天，都在索美塞得岛的东北部度过。他们驾驶着雪橇，在索美塞得岛步行深入300公里以上，不停地打听佛兰克林等人的消息，但是却一点结果也没有。
1849年，罗斯在不得已的情形下，只得返回英国复命。
至此，佛兰克林和他的妻子告别后，已有4年的岁月了，几乎所有寻找佛兰克林船队的人，都放弃了继续寻找的念头，只有佛兰克林夫人仍然抱着希望，期望有人能找到她的丈夫。
佛兰克林夫人的热诚，终于感动了英国政府。1850年，为搜寻佛兰克林探险队，英国海军又动员了10艘船和数百人，向冰海、陆地和海面展开大规模的搜索。
这一次的行动非常仔细，不但使得有关北极的地理更加明了，也发展了极地探险的技术。然而，他们真正的目标是佛兰克林船队，却仍是一点消息也没有。
其中，由佛雷休奥斯丁上校所率领的9艘船队，进入了流冰中，发现了一个命名为比基岛的地方，他们在沿岸登陆，寻找扎营的地点。
此时，加入奥斯丁队的美国海军上尉JD赫本所指挥的两艘帆船队员，却在荒凉的小岛上，发现了人类留下的痕迹。
接近一看，原来是铁制的射击台和仓库的残墟。仓库中有排列很整齐的肉类罐头，绳子也堆积如山，并有许多空罐子散乱丢弃在附近，这些景象很明显地告诉人们这儿就是佛兰克林船队最初的冬营地。
接着，赫本一行人又在附近找到了3个墓碑，其中1个墓碑上刻有粗糙的字体，上面写着约翰托林敦，乃是泰拉号的轮机长，其他两个墓碑则是艾尔帕斯号的海员。那么，其他的人那里去了呢?
1853年，哈得逊湾公司的约翰雷博士为解开这个谜，从加拿大北部出发，往北缓慢步行前进。
雷博士和他的队员于1854年4月，到达贝里湾，贝里湾位于巴芬岛西部，亦即加拿大最北端的布提亚半岛底部。在这里，为了获得食物，经常有很多爱斯基摩人驾着雪橇来来往往。
雷博士每遇见一个爱斯基摩人，便向他询问有没有看见来历不明的白人，爱斯基摩人都告诉他，数年前在贝里湾大约250公里的西边，有大约40个白人一起往南步行。至此，佛兰克林队终于有了消息。
根据爱斯基摩人的说法，这些白人把两艘很大的船抛弃，拖着雪橇和小船向着巴克河的方向前进，途中因为饥饿和坏血病，可能发生了许多不幸。
到底这些爱斯基摩人是否真的看过那两艘被抛弃的船呢?如果有，那些船在什么地方呢?
在威廉岛的东北岸外，雷博士发现了许多衣服的碎片，以及艾尔帕斯号和泰拉号船上的东西，由此可知，爱斯基摩人的报告足以可信。
雷博士尽可能在贝里湾收集所有的情报，然后改向西北前进。途中，他每遇见一个爱斯基摩人，便向他询问有关佛兰克林队的消息。
其中有一个消息，使雷博士极为不安。根据雷博士的询问，爱斯基摩人一共在陆地上发现了30个人的遗体和许多墓碑。
于是他又从巴克河的河口，往西北走一天的路程，终于在接近加拿大本土的一个岛上，发现了五个人的遗体;小船已经被翻过来当做避难的小屋，这些遗体分散于帐篷及小船下。
最令人触目心惊的是，有的尸体甚至被切成一块块，放在锅子里，显然这些可怜的人类也表演了一出人吃人的惨剧。
由于雷博士的报告，全英国的人都知道了这个悲惨的事实，困扰人心达7年之久的秘密终于解开了，英国政府的不安也暂告平息。
因为和雷博士见面的爱斯基摩人都没有见过一个活的白人，并且在发现遗体的地点附近，也没有发现活的白人，佛兰克林探险队全部死亡已成为事实。
雷博士从英国政府获得了一万英磅的奖金，而原来公布的奖金是两万英磅减半的原因不明，也许是因为雷博士只发现数位探险家的遗体，无法完成佛兰克林夫人所盼望的救出所有的队员之故。
何况，佛兰克林本身的遗体并未发现，佛兰克林夫人及其他许多人，都留有结果如何的疑问。而且，其余一百名探险队员的最后结果又如何了呢?
但是，英国政府却认为，即使花更多的钱，派出更多的探险队，也无法调查出更详细的结果。因此，佛兰克林夫人希望继续搜寻的要求便被驳回。
最后，佛兰克林夫人决定自己出资寻找丈夫。她买进一艘较小的蒸汽船狐狸号，开始准备工作。
不久，曾经参加过搜索工作的李奥帕德马克林托克便指挥着狐狸号，由大西洋进人太平洋，依次搜寻散布于北极圈中的各个小岛。
1857年7月1日，佛兰克林出航至今已过了12年。这一天，狐狸号安静地从苏格兰的亚伯丁出港。
月底，狐狸号便到达格陵兰，马克林托克带着爱斯基摩人和35只狗，离开狐狸号开始进行冰上搜索。
8月初，一行人又从格陵兰最北端的丹麦殖民地犹柏拿维克开航，12天后，便穿过麦尔维湾，经过布满流冰的水域，进入兰卡斯特海峡。至此，冰层封住了狐狸号的前进路线，他们只得在那儿度过冬天。
马克林托克在他的日记上如此记述：虽然并非没有脱离冰海的希望，但还是被漂流到北纬63.5度的地方。一直到次年4月25日，我们才从冰海脱离，那是因为强烈的东南风在冰上掀起很大的波浪，把冰层给打碎了，造成激烈的摇晃，船员们都被弹到甲板上。大家原以为船会被打坏，情况非常危险，幸好我们有独特的尖形船头，和装在小帆船上能够随时开动的蒸汽机，所以才能够脱离冰海。
狐狸号大约漂流了242天，共漂流了2000公里，最后到达巴芬湾的西南端。
这时，狐狸号为补充食物，一度返回格陵兰，接着再把船首指向西北前进。这一次，狐狸号成功地横越过麦尔维湾，于1858年7月27日进入旁多湾，马克林托克一行人登陆后，便前往卡帕洛利托克村拜访爱斯基摩人。
以后格陵兰带去的爱斯基摩人为翻译，马克林托克询问了许多当地的爱斯基摩人有关佛兰克林队的经过，但是他们都回答不曾见过，由此判断，艾尔帕斯号和泰拉号可能是绕过旁多湾北边的小岛，而没经过旁多湾。
马克林托克推想，佛兰克林一行人一定通过了兰卡斯特海峡及巴罗海峡，然后在比基岛度过冬天。
于是，马克林托克便将狐狸号驶向比基岛，但是他在那里并没有获得任何线索。接着，他又指挥狐狸号继续南下，前往威廉岛。
狐狸号进入佛兰克林海之后，在距离威廉岛还有两百五十公里的地方，又被冰层封住，冰的压力就像是虎钳一般，使得他们必须先注意船本身的安全，而无法进行搜索工作。然而，情况在稍转好以后，马克林托克不等船从冰层中脱离，便带着两位船员和一个爱斯基摩人，开始冰上旅行。
1859年2月18日，马克林托克一行人用一部雪橇载着行李，向南方的布提亚半岛前进。过了十几天，从威廉岛往罗斯海峡走大约50公里，便进入维多利亚岬，他们遇到了正在狩猎的爱斯基摩人。
于是就由同行的爱基摩人担任翻译，和以前一样询问佛兰克林探险队的行踪，这些爱斯基摩人一致回答：多年前有两艘白人的船被流冰破坏，在威廉岛的西北岸沉没，船上的海员全部都离船登陆，然后从陆地向巴克河前进，最后可能全部死亡，这证实了雷博士的发现是事实。
这时候，马克林托克判断如果没有更多的搜索队员和装备，必定无法更进一步获得更多的资料，于是就改向北方前进，返回狐狸号。
4月20日，两支搜索队从狐狸号再度出发，一队是由马克林托克指挥，另一队则由霍普森率领。他们从狐狸号前往维多利亚岬，后在维多利亚岬分开，马克林托克队横越过罗斯海峡，前往威廉岛，然后又改向南方，沿着岛的东海岸前进。
他们的目的是巴克河。霍普森队同样也坐着雪橇，前往威廉岛，然后将方向改向西，负责探索北部和西部的海岸;根据爱斯基摩人的说法，那里就是艾尔帕斯号和泰拉号沉没的地方。
马克林托克队顺利地在冰上前进，前往巴克河。在威廉岛上期间，马克林托克曾与大约40个爱斯基摩人接触，看到了令他吃惊异常的东西，那就是刻有佛兰克林和军官们姓名的首字母和家徽的银制食器。
一行人到达巴克河时，已经找不到佛兰克林队的行踪，在一无所获的情形下，只好又返回威廉岛。接着为了要和霍普森队碰面，又继续朝向西岸前进。
时间不断地过去，已经进入第五个月了，马克林托克心想在温暖的初夏里，何不将狐狸号驶回英国休息一阵子，再继续寻找佛兰克林队。
正在这个时候，他们刚好到达威廉岛的西南岸，发现哈谢尔岬的海面上散布着许多白骨，附近还有许多欧洲人的衣服碎片。于是就在当地到处挖掘，终于发现了用羊皮纸制的船员手册，和两、三封私人的信件，但是却始终找不到佛兰克林探险队的公文记录。
两、三天后，马克林托克队又发现了一艘9米长的小船残骸，里面有两副人骨、书本、古老的怀表、衣服、红茶和巧克力等，但是却没有任何记录，最奇怪的是，装着小船的雪橇却是朝向北方，似乎与艾尔帕斯号和泰拉号的船员们弃船后的南进方向不相符。
当时，船员们必定是想要寻找哈得逊湾公司的前进基地要求帮助，不知何故，这种努力却失败了。这些雪橇会朝向北方，也许是有少数人企图重新返回船上之故。
马克林托克知道要解开佛兰克林队的谜，还需要一番努力，因此决定将雪车朝向北方。他一面前进一面推测徘徊于威廉岛西北海岸的霍普森队的行动，他们是否发现了新的线索?
马克林托克在他的日记中如此写着：过了哈谢尔岬约五公里的地方，陆地很快地往下沉降，在离开海岸很远的地方，有很多小湾和小山丘，我们前进到那里，在沿岸看到了许多重叠的冰，最后终于发现了一个有趣的事实，在距离哈谢尔岬大约20公里的地方，我发现霍普森队所做的小石堆，和留给我的报告书。
5月6日，霍普森队到达威廉岛西北岸的维多利亚岬，走到突出于维多利亚海峡的一个地方，又发现了很大的坟墓，堆积着的岩石周围，留有烹饪用的炉子、丁字镐、帐篷、圆钟以及航海用具等装备。
霍普森队在那里详细地搜索后，发现一个箱子里有一排弹药，这些弹药曾经打开过，不知何故又放回箱子里，这些弹药究竟有何意义，霍普森把弹药一一打开，发现了里面有两封信。
内容如下：皇帝陛下的船艾尔帕斯号和泰拉号，在北纬70度5分，西经98度23分的冰上过冬。它通过威灵顿海峡，到达北纬77度，又经过康瓦力岛的西方再回来。公元1846年至1847年，都在北纬74度43分28秒，西经91度39分15秒的比基岛过冬，由约翰佛兰克林担任探险队的指挥，全体人员精神愉快。由2位军官及6位士兵组成的本队，在公元1847年5月24日星期一离船。
上面还有哥瓦上尉和大副维克斯的签字。在报告书外侧，又有如下大约隔了一年的记录：1848年4月25日，陛下的船艾尔帕斯号和泰拉号，于4月22日离开这里，在大约离开25公里，亦即威廉岛北北西的地方被放弃。自1846年9月12日以后，这两艘船就被封闭在冰中，船上105位军官和士兵，都在海军上校克洛基的指挥下，在北纬63度37分42秒，西经98度41分的地方登陆。约翰佛兰克林于1847年6月11日死亡。到这一天为止，探险队已有24名队员死亡。
报告书上还有资深军官克洛基上校，和艾尔帕斯号舰长詹姆斯的签字。后面，又追记了一句明天26日，将要向巴克河前进。
霍普森立刻发觉日期有错误，因为在比基岛的石墓碑上，刻有1845年至1846年冬天的日期，显然探险队应该是第一年的冬天在比基岛度过，第二年才到达此地。
佛兰克林到底在那里死亡的?为什么他们找不到爱斯基摩人求援呢?此外，为什么他们又必须从巴克河回来呢?在以后20年间，这些疑问仍无法获得圆满的解答。
