1995年，在西安电影制片厂打工的雷祥生回了老家。不幸得脑瘫的儿子已经6岁了，靠在轮椅上，脑袋无力地左右摇晃。见到雷祥生，他嘴里发出呜呜的声音，媳妇王根兰说这是儿子高兴的表现。
晚上，媳妇对雷祥生说：我实在熬不住了，你让我出去打工挣钱吧，换你在家照顾儿子。话一说完，她的眼泪就掉了下来。接下来的几天，雷祥生渐渐明白了媳妇为什么宁愿出去打工也不愿在家待着。
儿子雷熙冠全身肌肉僵硬，嘴巴也紧紧咬着。一日三餐，得大人把饭嚼烂，再用力把儿子的嘴巴掰开，把嚼烂的饭喂进去。孩子不会吞咽，得不停抚摸他的喉咙，才能让他吃下去。幸苦倒还是其次，最让人难过的是，儿子的身体总是在抽搐，而他们只能眼睁睁地看着他受苦。
一个星期后，雷祥生答应了媳妇出去打工的要求。
在与儿子朝夕相处的一周里，雷祥生发现儿子很依赖他，他走到哪里，儿子的目光就落到哪里。那天晚上，雷祥生把儿子抱到自己床上，说：儿子，以后你就跟爸睡。儿子笑了，眼睛弯成了很好看的月牙。雷祥生也来了兴致，说：我知道你听得懂爸的话。以后爸问你要不要上厕所，你要是想上，脚就点一点。若是不想上，就两只脚搓一搓。听懂了吗？就这一会儿工夫，儿子居然点了点脚尖。雷祥生又惊又喜，激动地说道：儿子，你真聪明！那一刻，父子俩都笑了。
从那天起，雷祥生决定换个方式和儿子开开心心地过日子。儿子喜欢看电视剧《新白娘子传奇》。一天晚上，父子俩坐在一起看电视，儿子用脚轻轻踢了他一下。雷祥生问：你想撒尿？儿子两只脚不动。你想喝水？还是不动。是电视方面的事？儿子的脚点了点。电视声音太小了，你听不清？不动。是有别的好节目，要爸给你换频道？儿子的脚又点了点。于是雷祥生从1频道开始按，等按到30频道的《新白娘子传奇》时，儿子的脚踢得老高，笑得特别灿烂。雷祥生也乐了幸福有时就是这么简单。
不久，雷祥生琢磨着给儿子做个遥控器。他买了个喇叭，又找了个废旧的汽车喇叭开关，把两个东西接起来绑在轮椅底下，儿子有什么情况可以用脚踩喇叭告诉他。潘玮柏是爷俩都喜欢的歌手，有一天，雷祥生正在厨房里忙活，只听儿子的喇叭一个劲地响。雷祥生冲到儿子面前，问：是想上厕所？儿子的脚不动。是想换台？儿子的脚还是不动。当雷祥生听到电视里传出潘玮柏的歌声时，他才明白，儿子是想与他分享快乐。
可是，快乐只是生活中的一部分，更多的时候，雷祥生还是被孤独和苦闷笼罩着。他重复着给儿子喂饭、擦身，除了看着儿子在轮椅上受苦，他什么也干不了，这种有劲使不出的日子越来越难熬。
有一天，会剪纸的雷祥生突然有一种冲动，他拿起剪刀，剪起蝴蝶来。每天除了照顾儿子，他就剪各式各样的蝴蝶，剪纸成为他超脱生活困境的一种精神力量。儿子见雷祥生剪了那么多漂亮的蝴蝶，总想用嘴去吹，但又无能为力。雷祥生见了，就在屋子里把剪好的蝴蝶放飞，吹啊，扇啊，儿子高兴极了。
2001年，北京一对导演夫妇沙青和季丹到渭南采风，听说了雷祥生的故事，找到了雷祥生的家。远远地，就见到雷祥生抱着孩子坐在门槛上。孩子病重，两个月喂不进饭，已经饿得皮包骨了。雷祥生想把儿子送到医院治疗，可没有一家医院愿意收治。看着毫无意识、奄奄一息的儿子，雷祥生带信给在外面打工的妻子，让她回家。知道儿子想妈妈，于是他每天抱着儿子坐在门槛上等妻子回来。
沙青夫妇被这一幕深深地打动了，决定拍下雷祥生和他儿子的故事，片名为《在一起的时光》。在沙青的镜头前，雷祥生剪的每一个锯齿、每一道花纹，都见证了他对儿子刻骨铭心的爱。也许是这种爱唤回了孩子的灵魂，雷熙冠最终躲过这一劫，奇迹般地慢慢好了起来。
2002年10月，雷祥生应沙青夫妇的邀请前往北京。临行前的夜晚，儿子把头倒在雷祥生的怀里哭了。后来，雷祥生把这个场景剪了出来。在剪纸里，雷祥生看着孩子的脸在笑，背面那个表情却在流泪。
2004年春节前夕，沙青夫妇让雷祥生把孩子接到北京玩一次。雷祥生给孩子买了卧铺，自己在儿子边上坐了一宿。到北京后，沙青夫妇开车带着他们去各处游玩、吃小吃。
2011年春节，雷祥生回家时告诉儿子一个好消息：几个月后，他将去美国开办个人作品展览。儿子笑得很灿烂，那笑容里有一份笃定的信念，相信爸爸是他最大的骄傲。